（1）人事聘任制度方面：协同中心在人事聘任管理上坚持任务设岗、层级管理、目标考核、优劳优酬原则，打破高校与其他创新主体间的壁垒，构建了以“聘用制”为主的多类聘用制度。协同中心为聘任主体，依据任务类型设岗，协同中心常设岗6类：中心主任岗、管理部主管岗、PI岗、研发岗、技术辅助岗和行政服务岗。
（2）协同中心的薪酬体系：高端领军人才和核心研发人员实行年薪制；一般研发人员、技术辅助人员、行政管理人员实行协议工资制（协议工资由基本工资和绩效津贴两部分组成）；访问学者、博士后人员、在读博士和硕士研究生根据协同中心牵头（或依托）单位有关政策按“就高”原则执行。
（3）跨单位人员聘用管理：协同中心按合同制聘用的协同单位的人员，在任务实施期间由协同中心管理，原单位仅保留其人事关系和基本工资，其绩效薪酬由协同中心根据考核情况支付。
协同创新中心制定并实施的部分人事管理规定和办法：
《协同创新中心人员聘任管理办法》
《协同创新中心人才评价与考核管理办法》